دانلود مقاله شناساییِ ژِنوم، فیلوژنی و تحلیلِ فاکتورهای رونویسیِ FRE/2PA در خانوادۀِ براکیپودیوم
تعداد کلمات فایل انگلیسی:5703 کلمه 19 صفحه pdf
تعداد صفحات فایل ترجمه:15 صفحه word فونت 13 Times New Roman (Headings CS)
شناساییِ ژِنوم، فیلوژنی و تحلیلِ فاکتورهای رونویسیِ FRE/2PA در خانوادۀِ براکیپودیوم
چکیده
این فاکتور رونویسی یکی از مهمترین خانواده های ژن در گیاهان است که در تکاملِ رشد گیاه و پیشرفت آن، علاوه بر پاسخ به فشارهای مختلف، نقش حیاتی ایفا میکند. اگرچه این فاکتورها در گونه های مختلف گیاهی وجود دارند، این خانواده در گیاه براکیپودیوم کمتر شناخته شده است. در این مطالعه، تحقیقات گسترده ای درمورد ژنوم بمنظور شناسایی این خانوادۀِ ژنی در براکیپودیوم انجام شده است و درکل 141 مورد بدست آمد. تحلیلِ فیلوژنتیک آنها را به چهار زیر خانواده طبقه بندی کرده است که 112 مورد به FRE، 4 مورد به VAR و 24 مورد به 2PA و درنهایت 1 مورد به زیرخانوادۀِ منفرد تعلق دارند. تعیین موقعیت کروموزومی، ساختار ژن، عناصرِ تکاملی و درون مایۀِ پروتئین ذخیره شده علاوه بر تحلیلِ تکثیر ژن بصورت سیستماتیک بمنظور بررسیِ خصوصیات تکاملی این دسته ژنها انجام شده اند. بنابراین شبکۀِ تکاملی بین این ژنها و سایرین با استفاده از روش اُرتولوژی محور تشکیل شده است و 39 مورد از این ژنها در این شبکه بدست آمد و درنهایت 517 شاخه از این شبکه نیز شناسایی شد. پروفیلهای این دسته از ژنها درطول فرایند پیشرفت و باوجودِ فشارهای مختلف با استفاده از دادۀِ میکروصفی و توالیِ آر اِن آیِ موجود مورد بررسی قرار گرفتند و 10 نوع بافتِ خاص و ژنهای پاسخدهنده به فشار از این دسته شناسایی شدند. نهایتآ 11 مورد از این ژنها برای آزمایش صحتِ حالتهایشان در بافتهای مختلف و براساس روشهای مختلف با استفاده از روش RCP-TR انتخاب شدند. نتایج بدست آمده تأیید کردند که این دسته از ژنها در فرایندهای فیزیولوژیکی مختلف قرار دارند. این مطالعه برای اولین بار خصوصیاتِ این خانوادۀِ ژنی را گزارش کرد که اطلاعات با ارزشی را برای انجام مطالعات بیشتر در آینده در این زمینه را فراهم خواهد کرد و همچنین درک بهتری از مبنای مولکولی برای پیشرفت و تحمل پذیری در این گونه ها را ارائه میدهد.
واژه های اصلی:
فشار آبیوتیک، FRE/2PA، براکیپودیوم،پروفیلهای حالت، خانوادۀِ ژن، فاکتور نسخه برداری
Genome-wide identification, phylogeny and expression analysis of AP2/ERF transcription factors family in Brachypodium distachyon
Abstract
Background: The AP2/ERF transcription factor is one of the most important gene families in plants, which plays the vital role in regulating plant growth and development as well as in response to diverse stresses. Although AP2/ ERFs have been thoroughly characterized in many plant species, little is known about this family in the model plant Brachypodium distachyon, especially those involved in the regulatory network of stress processes.
Results: In this study, a comprehensive genome-wide search was performed to identify AP2/ERF gene family in Brachypodium and a total of 141 BdAP2/ERFs were obtained. Phylogenetic analysis classified them into four subfamilies, of which 112 belonged to ERF, four to RAV and 24 to AP2 as well as one to soloist subfamily respectively, which was in accordance with the number of AP2 domains and gene structure analysis. Chromosomal localization, gene structure, conserved protein motif and cis-regulatory elements as well as gene duplication events analysis were further performed to systematically investigate the evolutionary features of these BdAP2/ERF genes. Furthermore, the regulatory network between BdAP2/ERF and other genes were constructed using the orthology-based method, and 39 BdAP2/ERFs were found to be involved in the regulatory network and 517 network branches were identified. The expression profiles of BdAP2/ERF during development and under diverse stresses were investigated using the available RNA-seq and microarray data and ten tissue-specific and several stress-responsive BdAP2/ERF genes were identified. Finally, 11 AP2/ERF genes were selected to validate their expressions in different tissues and under different stress treatments using RT-PCR method and results verified that these AP2/ ERFs were involved in various developmental and physiological processes.
Conclusions: This study for the first time reported the characteristics of the BdAP2/ERF family, which will provide the invaluable information for further evolutionary and functional studies of AP2/ERF in Brachypodium, and also contribute to better understanding the molecular basis for development and stresses tolerance in this model species and beyond.
Keywords: Abiotic stress, AP2/ERF, Brachypodium, Expression profiles, Gene family, Transcription factor
کد:11015
دانلود رایگان فایل انگلیسی:
رمز فایل:www.downloadmaghaleh.com
دانلود مقاله دات کام 
توضیحات محصول
دانلود مقاله شناساییِ ژِنوم، فیلوژنی و تحلیلِ فاکتورهای رونویسیِ FRE/2PA در خانوادۀِ براکیپودیوم
تعداد کلمات فایل انگلیسی:5703 کلمه 19 صفحه pdf
تعداد صفحات فایل ترجمه:15 صفحه word فونت 13 Times New Roman (Headings CS)
شناساییِ ژِنوم، فیلوژنی و تحلیلِ فاکتورهای رونویسیِ FRE/2PA در خانوادۀِ براکیپودیوم
چکیده
این فاکتور رونویسی یکی از مهمترین خانواده های ژن در گیاهان است که در تکاملِ رشد گیاه و پیشرفت آن، علاوه بر پاسخ به فشارهای مختلف، نقش حیاتی ایفا میکند. اگرچه این فاکتورها در گونه های مختلف گیاهی وجود دارند، این خانواده در گیاه براکیپودیوم کمتر شناخته شده است. در این مطالعه، تحقیقات گسترده ای درمورد ژنوم بمنظور شناسایی این خانوادۀِ ژنی در براکیپودیوم انجام شده است و درکل 141 مورد بدست آمد. تحلیلِ فیلوژنتیک آنها را به چهار زیر خانواده طبقه بندی کرده است که 112 مورد به FRE، 4 مورد به VAR و 24 مورد به 2PA و درنهایت 1 مورد به زیرخانوادۀِ منفرد تعلق دارند. تعیین موقعیت کروموزومی، ساختار ژن، عناصرِ تکاملی و درون مایۀِ پروتئین ذخیره شده علاوه بر تحلیلِ تکثیر ژن بصورت سیستماتیک بمنظور بررسیِ خصوصیات تکاملی این دسته ژنها انجام شده اند. بنابراین شبکۀِ تکاملی بین این ژنها و سایرین با استفاده از روش اُرتولوژی محور تشکیل شده است و 39 مورد از این ژنها در این شبکه بدست آمد و درنهایت 517 شاخه از این شبکه نیز شناسایی شد. پروفیلهای این دسته از ژنها درطول فرایند پیشرفت و باوجودِ فشارهای مختلف با استفاده از دادۀِ میکروصفی و توالیِ آر اِن آیِ موجود مورد بررسی قرار گرفتند و 10 نوع بافتِ خاص و ژنهای پاسخدهنده به فشار از این دسته شناسایی شدند. نهایتآ 11 مورد از این ژنها برای آزمایش صحتِ حالتهایشان در بافتهای مختلف و براساس روشهای مختلف با استفاده از روش RCP-TR انتخاب شدند. نتایج بدست آمده تأیید کردند که این دسته از ژنها در فرایندهای فیزیولوژیکی مختلف قرار دارند. این مطالعه برای اولین بار خصوصیاتِ این خانوادۀِ ژنی را گزارش کرد که اطلاعات با ارزشی را برای انجام مطالعات بیشتر در آینده در این زمینه را فراهم خواهد کرد و همچنین درک بهتری از مبنای مولکولی برای پیشرفت و تحمل پذیری در این گونه ها را ارائه میدهد.
واژه های اصلی:
فشار آبیوتیک، FRE/2PA، براکیپودیوم،پروفیلهای حالت، خانوادۀِ ژن، فاکتور نسخه برداری
Genome-wide identification, phylogeny and expression analysis of AP2/ERF transcription factors family in Brachypodium distachyon
Abstract
Background: The AP2/ERF transcription factor is one of the most important gene families in plants, which plays the vital role in regulating plant growth and development as well as in response to diverse stresses. Although AP2/ ERFs have been thoroughly characterized in many plant species, little is known about this family in the model plant Brachypodium distachyon, especially those involved in the regulatory network of stress processes.
Results: In this study, a comprehensive genome-wide search was performed to identify AP2/ERF gene family in Brachypodium and a total of 141 BdAP2/ERFs were obtained. Phylogenetic analysis classified them into four subfamilies, of which 112 belonged to ERF, four to RAV and 24 to AP2 as well as one to soloist subfamily respectively, which was in accordance with the number of AP2 domains and gene structure analysis. Chromosomal localization, gene structure, conserved protein motif and cis-regulatory elements as well as gene duplication events analysis were further performed to systematically investigate the evolutionary features of these BdAP2/ERF genes. Furthermore, the regulatory network between BdAP2/ERF and other genes were constructed using the orthology-based method, and 39 BdAP2/ERFs were found to be involved in the regulatory network and 517 network branches were identified. The expression profiles of BdAP2/ERF during development and under diverse stresses were investigated using the available RNA-seq and microarray data and ten tissue-specific and several stress-responsive BdAP2/ERF genes were identified. Finally, 11 AP2/ERF genes were selected to validate their expressions in different tissues and under different stress treatments using RT-PCR method and results verified that these AP2/ ERFs were involved in various developmental and physiological processes.
Conclusions: This study for the first time reported the characteristics of the BdAP2/ERF family, which will provide the invaluable information for further evolutionary and functional studies of AP2/ERF in Brachypodium, and also contribute to better understanding the molecular basis for development and stresses tolerance in this model species and beyond.
Keywords: Abiotic stress, AP2/ERF, Brachypodium, Expression profiles, Gene family, Transcription factor
کد:11015
دانلود رایگان فایل انگلیسی:
رمز فایل:www.downloadmaghaleh.com